一、内设机构：海珠区法院设有12个内设机构、1个派出法庭、1个事业单位。
（一）立案庭（诉讼服务中心）
主要职责：负责本院各类案件立案；审查不服本院生效裁判的各类申诉和再审申请；审查诉前及立案阶段的财产、证据保全申请并作出裁定，收转各类诉讼资料，送达相关的法律文书；核算诉讼费，办理立案阶段的诉讼费的缓交、减交、免交审批手续；负责信访工作；协助司法救助申请的立案审查；负责司法诉讼服务中心、多元解纷工作。
（二）刑事审判庭
主要职责：审理法律规定由基层人民法院管辖的刑事案件或由上级人民法院指定审判的刑事犯罪案件；参与社会治安综合治理等工作。
（三）民事审判一庭
主要职责：审理法律规定由基层人民法院管辖的有关婚姻家庭、劳动争议、不当得利、无因管理、侵权纠纷案件。
（四）民事审判二庭
主要职责：审理法律规定由基层人民法院管辖的合同纠纷案件；证券、期货、票据、股权等与公司有关的纠纷案件。
（五）民事审判三庭
主要职责：审理法律规定由基层人民法院管辖的不动产纠纷案件；房屋买卖、商品房预售、物业管理、业主知情权、业主撤销权纠纷案件。
（六）民事审判四庭
主要职责：审理法律规定由基层人民法院管辖的除破产清算案件之外的商事纠纷案件；除专利、植物新品种、集成电路布图设计、技术秘密、计算机软件等纠纷案件之外的部分知识产权民事案件。
（七）综合审判庭
主要职责：快速审理各类简单民商事案件，包括事实比较清楚、权利义务关系比较明确、证据比较充分的案件，以及其他可以适用快审程序的案件；审理申诉、再审、国家赔偿、司法救助等案件。
（八）执行局
主要职责：执行已发生法律效力的民事判决、裁定、调解书、决定书、支付令；刑事附带民事判决、裁定、调解书；刑事判决、裁定书有关财产的执行；负责执行法律规定的其他执行文书；审查执行异议变更、追加执行主体等事项；负责案件专项财产调查、财产保全工作；负责办理中止、终本案件的恢复执行工作；对执行案件实施监督及负责答复执行监督信访案件。
（九）政治部（机关党委、督察室）
主要职责：负责本院思想政治工作、队伍建设；负责本院各类人员的考录、任免、调配、工资福利、公费医疗、计划生育、教育培训、考试考核、离退休干部管理服务等工作；负责本院各类人员职务序列等级评定、晋升、管理等工作；负责人民陪审员选任、培训、管理等工作；负责管理人事档案、收集分析人事信息、落实各项组织人事制度；负责本院党员、党务管理工作；完成上级法院和区有关部门布置的组织人事调研、统计工作；负责纪检、监察工作；监督、检查本院及其工作人员执行国家法律、法规、政策及工作纪律的情况；受理对本院及其工作人员违法违纪行为的检举、控告；负责法院审判人员违法审判追究工作；查处本院及其工作人员的违法违纪行为。
（十）综合办公室
主要职责：负责院党组会议、院长办公室会议记录工作，牵头督办院党组会、院长办公会议决定事项；负责协助院领导组织、协调、处理有关司法政务；负责与区人大代表、政协委员联络工作，办理区人大代表建议、议案和区政协委员提案；负责院重要会议和重大活动的组织协调、会务接待工作；负责院印章管理和使用工作；负责文印工作；负责保密工作；负责文件收发、拟办、传阅、归档等工作；负责档案管理工作；负责财务管理工作；负责国有资产管理工作；负责信息化工作；负责院领导交办的其他事项。
（十一）审判管理办公室（研究室）
主要职责：负责院审判委员会会务及日常工作；负责司法统计和审判运行态势分析研判工作；负责案例编辑、报送工作；负责本院重大工作部署的调查研究工作；编写内部刊物，负责信息简报、大事记、年鉴、工作计划、总结、工作报告、会议材料等综合材料撰写工作；研究、征集对法律、法规、规章草案的意见；负责学术论文、司法建议等工作；负责新闻宣传，联系新闻媒体工作；负责管理图书、报刊资料；负责平安综治、依法治理等综合考核报送工作；负责审判流程、质量、绩效等管理工作。
（十二）司法警察大队
主要职责：执行司法警察工作的条例、规定、办法；实施司法警察管理的规章制度；负责本院枪支、弹药的管理、使用；值庭、维护审判秩序；对进入审判区域的人员进行安全检查；刑事审判中押解、看管被告人或者罪犯，传带证人、鉴定人和传递证据；在生效法律文书的强制执行中，配合实施执行措施，执行拘传、拘留等强制措施；负责机关安全工作；协助涉诉信访应急处置工作；法律、法规规定的其他职责；院领导安排的其他事务。
二、派出机构
生态城人民法庭
主要职责：负责海珠区琶洲街、华洲街、南洲街、官洲街及江海街（简称“四洲一海”）五个街道的除知识产权、破产清算案件以外的民商事纠纷案件。
三、事业单位
综合保障中心
主要职责：负责本院的基建、维修、房屋、膳食、对内接待、环境绿化、清洁卫生、办公用品、文件打印、装备、车辆、安全保卫等后勤保障管理和服务性工作。
